Les marais d'arrière-dune
Ces marais se sont développés sur un substrat essentiellement sableux et vaso-sableux d'alluvions récentes, dans des secteurs d'étalement et de divagation des eaux du courant d'Huchet.
Ces formations correspondent à un blocage de l’écoulement des eaux superficielles par le cordon dunaire récent (ancien débouché du courant d’Huchet). La dépression peu prononcée du sol et une sédimentation importante peuvent expliquer que se soient formés des marais plutôt que des petits étangs d’arrière dune, comme c’est le cas à la Mailloueyre, près de Mimizan.
Ces marais ont évolué dans le sens d’un comblement (accumulation de sédiments minéraux et organiques) et d’une forte colonisation par les ligneux (saules).
Sur le marais d'Huchet, il subsiste deux petits plans d’eau dont la communication est en cours de comblement, entourés d’une bande réduite de végétation marécageuse (roselière, cariçaie) progressivement envahie par des formations arbustives (saules, Baccharis halimifolia) et arborées (aulnaie).
Le marais de la Pipe couvrait une centaine d'hectares il y a un siècle: il a été totalement asséché à la suite de la destruction d'un seuil naturel d'alios à l'aval du marais, en 1956. En 1985, il a fait l’objet de travaux visant à le réhumidifier et à rajeunir certains terrains (gyrobroyage des arbustes), conformément au décret de création de la réserve. Ces travaux n’ont que partiellement abouti, la partie sud du marais ne pouvant être inondée en permanence à l’aide des aménagements existant actuellement. Malgré cela, un plan d’eau permanent a pu être préservé et un rajeunissement des milieux a été obtenu. Dans les premières années suivant les travaux, la lande humide à molinie a commencé à se développer sur certains terrains. Plus récemment, ce milieu a régressé, par manque d’eau, et une progression des ligneux a pu être observée (saules, piment royal et surtout Baccharis halimifolia).
La roselière subsiste au niveau des dépressions (inondées ou inondables) et l’aulnaie en périphérie du marais.