Même si l'évolution de la richesse spécifique du courant d'Huchet montre certaines pertes notables depuis 40 ou 50 ans ( Aldrovanda vesiculosa, Hammarbya paludosa,...), de nombreuses stations d'espèces rares sont encore présentes.
Au total, les différentes études ont permis de recenser 285 espèces, concernant principalement les phanérogames. Les lichens, champignons et bryophytes n'ont pas fait l'objet d'études particulières.
22 espèces végétales présentent un intérêt patrimonial majeur: 10 espèces protégées au plan national (Astragalus bayonnensis, Hieracium eriophorum, Linaria thymifolia...) et 13 espèces protégées au plan régional (Trapa natans, Najas marina, Pancratium maritimum...). Les prospections récentes entreprises par le gestionnaire depuis 2003 ont permis de retrouver certaines espèces d'intérêt patrimonial majeur non revues depuis longtemps comme Pilularia globulifera. Pour certaines d'entre elles, la réserve naturelle du courant d'Huchet constitue l'une des rares localisations en Aquitaine (Hibiscus palustris, Senecio bayonnensis, Osyris alba).
On peut également citer la présence d’espèces qui, sans être rares, sont peu fréquentes ou originales en Aquitaine ou dans les Landes : le trèfle d'eau (Menyanthes trifoliata), les utriculaires (Utricularia minor, U. intermedia) et la grassette (Pinguicula lusitanica), le cyprès chauve (Taxodium distichum)
